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禁止近亲结婚的遗传学原理是近亲结婚所生的孩子患有遗传病的可能性较大。
我国婚姻法已明确规定，禁止近亲结婚，原因是近亲带有相同隐性遗传致病基因的可能性较大，近亲结婚所生的孩子患有遗传病的可能性较大。
如近亲结婚时所生的子女中，单基因隐性遗传病的发病率比非近亲结婚要高出7.8～62.5倍；先天畸形及死产的机率比一般群体要高3～4倍。孩子智力下降，并患有许多先天性疾病如先天愚型，其危害十分显著。
近亲结婚的危害：
基因满载着来自父母的各种遗传密码，这些密码巧妙地控制着人体各部分的生长发育，将父母的特征遗传给后代。在人们身上，往往掺杂着个别有害的基因，这种基因叫做致病感因。致病基因分为隐性和显性两种。
与隐性基因有关的遗传病，叫作隐性遗传病，如苯丙酮尿症、婴儿黑蒙性白痴、尿黑酸症、先天性纤维蛋白质缺乏症、先天性肾上腺皮质增生等，现已知道的有7000多种。近几十年来，传染病流行病在人群中发病率逐渐降低，而遗传病的相对发病率则逐年增高。
如果父母一代血缘关系近，相同的病态基因就多，很容易把双方生理上精神上的缺陷弱点集中起来，遗传下去，贻害子女。
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