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夫妻分居三个月,一方向法院起诉离婚的,孩子抚养权由双方自行协商确认归属,若双方协商不成的,由人民法院根据双方的具体情况,按照最有利于未成年子女的原则判决。但是,未满两周岁的,以由母亲直接抚养为原则。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的,可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件,应当进行调解;如果感情确已破裂,调解无效的,应当准予离婚。第一千零八十四条第三款离婚后,不满两周岁的子女,以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女,父母双方对抚养问题协议不成的,由人民法院根据双方的具体情况,按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的,应当尊重其真实意愿。