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因家庭矛盾分居两年是不算自动离婚的，因为我国不存在自动离婚这回事，离婚只可以主动提出，且需经过法定程序。例如，协议离婚，需双方当事人自愿离婚，并签订离婚协议，到婚姻登记机关办理离婚登记，经三十天冷静期，双方亲自领取离婚证。起诉离婚，需一方提交起诉状，敷衍经调解无效，确认感情破裂，应准予离婚。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
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